Ma recherche
Mes centres d'intérêt
Je suis bioinformaticienne, avec une formation initiale en informatique, et j'ai fini, je ne sais pas trop comment, par travailler sur les plantes, les diatomées, les génomes et les réseaux de régulation génique — et a y prendre goût, le plus souvent en posant aux ordinateurs des questions biologiques un peu tordues.
Je suis actuellement chercheuse postdoctorale au VIB-UGent Center for Plant Systems Biology. J'ai obtenu mon doctorat ainsi que deux diplômes de master à l'Université libre de Bruxelles (ULB). Mes recherches s'inscrivent dans une approche intégrative et de biologie des systèmes, combinant données d'expression single-cell, inférence de réseaux et text mining afin de prioritiser des gènes impliqués dans des traits complexes. Une part importante de mon travail consiste à développer des outils informatiques robustes, reproductibles et utilisables par les biologistes.
Depuis 2025, je suis également impliquée dans l'enseignement. Je suis notamment responsable du cours Linux for Bioinformatics Environment à l'UGent, où j'essaie d'apprendre aux étudiants à ne pas craindre le terminal. Je contribue également à l'enseignement du ULB/VIB Executive Master in Digital and IT Essentials, en aidant des non-informaticiens à naviguer plus sereinement dans des environnements numériques.
J'aime développer des méthods faciles à utiliser et expliquer des concepts complexes sans infliger de souffrance superflue. Si jamais vous êtes d'humeur pour une lecture légère, vous trouverez mes publications sur Google Scholar.
Mes compétences
- InformatiqueAvant tout, je suis informaticienne et ingénieur software. Au départ, je m'exprimais principalement en C, C++ et C#, mais depuis mon incursion dans la bioinformatique, j'ai basculé plutôt vers Python et bash, en passant parfois par Nextflow. Je suis aussi développeuse web à mes heures perdues, surtout avec PHP, mais ce site-ci a été créé avec React.js/Next.js. Gestion de bases de données ? MySQL est mon fidèle compagnon.
- BioinformatiqueMon expertise inclut l'assemblage de génomes, l'annotation de génomes ainsi que étude de réseaux de régulation génique. Je suis à l'aise avec l'analyse de données NGS—qu'il s'agisse de DNA-seq (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio HiFi) ou (sc)RNA-seq (Illumina). Donnez-moi des données, et voyons quelles histoires les gènes ont à raconter !
Où tout a commencé ?
Ma curiosité pour comprendre comment les choses fonctionnent a commencé très tôt. Comme ce jour où mon frère et moi avons démonté une horloge à coucou cassée, ou encore quand j’ai découvert par accident un bug « accélérateur de temps » sur mon Tamagotchi, générant des créatures en série ! Malheureusement, mon premier Tetris n’avait pas de bug, mais j’ai quand même pris plaisir à atteindre les niveaux supérieurs, tout en me demandant quel sortilège se cachait derrière le fonctionnement de cette super machine.
Malgré cette curiosité, je ne savais pas quoi faire de ma vie à la fin de mes études—jusqu’à ce que mon meilleur ami programme un jeu d’échecs sur sa calculatrice. Inspirée, je me suis dit que je pouvais aussi programmer mon propre Tetris (disclaimer : je ne l’ai jamais fait). Et c’est comme ça que j’ai commencé à étudier l'informatique.
Après avoir terminé mon master, j’ai travaillé comme ingénieur software dans l’industrie ferroviaire, testant nos outils directement sur des trains la nuit ! Mais mon amour pour comprendre "comment les choses fonctionnent" n’était pas satisfait. Un jour, mon compagnon m’a montré un article (apparemment révolutionnaire) sur le sujet de l’ADN—où je n’ai pas compris un seul mot—et là, ce fut l’étincelle ! Motivée par mon amour pour la génomique et le Café Shock, je suis retournée à l’université pour cette fois étudier la bioinformatique, et à 31 ans, j'ai entrepris un doctorat sur l’assemblage de génomes et l’histoire évolutive des coléoptères.
Et maintenant ? Je m'amuse à mener mes recherches dans un centre de pointe sur les plantes, en combinant ma passion pour la botanique et le développement logiciel pour optimiser les cultures agricoles !
